Команда существует с 1990 года и была признана ФИФА и УЕФА летом 1992 года, через год после получения Хорватией независимости от Югославии.
Сборная Хорватии дважды, в 1994 и 1998 годах, признавалась ФИФА командой, добившейся наибольшего прогресса в рейтинге сборных по итогам года.
В отборочных турнирах чемпионатов мира 2002 и 2006 годов хорваты выходили в финальную часть, не потерпев ни одного поражения в отборочных матчах.